江苏省疾控中心”食源性致病微生物全基因组数据综合分析平台“于2024年10月正式上线运行。该平台通过集成先进的基因组测序生物信息学分析工具，实现了我省疾病预防控制系统利用先进的组学技术开展食源性致病微生物的快速鉴定、精准识别及溯源分析的跨越式发展。

　　自2015年江苏省疾病预防控制中心在全国率先建立了辐射全省全部设区市的“食源性疾病分子溯源网络实验室（JS-TraNet）”，省疾控中心实验室对全省13家网络实验室的建设与运行提供了有效的技术支持。2015年国家食品安全风险评估中心启动《国家食源性致病微生物全基因组测序数据库》的构建工作，以应用于病因食品的快速准确识别。江苏省疾控中心自2019年开始采用全基因组测序技术对部分食源性致病菌开展基于全基因组多位点序列分型（cgMLST）的分子分型分析及耐药质粒特征分析。2023年《江苏省食品安全风险监测方案》将全基因组测序分型作为“江苏省食源性疾病分子溯源网络实验室（JS-Tranet）”的首选分型技术在全省13家网络实验室进行推广。近五年来各网络实验室已完成并提交食源性致病菌分子分型数据超过5000条，其中全基因组二代测序数据超过2000条。为提升各网络实验室开展全基因组拼接、注释及溯源的本地化分析能力，省疾控中心在北京中科助腾科技有限公司的技术支持下启动了”江苏省食源性致病微生物全基因组数据综合分析平台“建设。该平台整合了包括原始数据处理、基因型特征分析和分子溯源等3个不同基本功能模块，实现了全基因组下机数据的质量控制、短序列拼接、组装、基因注释和基因组比对，并可开展基于本地化数据的cgMLST（核心基因组多位点序列分型）和SNP（单核苷酸多态性）菌株间进化关系分析。该系统的建设把食源性致病微生物数据的获取、传输、处理、分析、决策、形成一个一体化的模式，让我省食源性疾病分子溯源监测工作的管理、各维度统计分析和科学决策更加有效准确。

　　随着“分析平台”的顺利启用，我省在应对微生物性食源性疾病方面迈出了重要步伐。利用该平台能够采用组学技术迅速识别并分析食源性疾病发生相关链条中的致病因素，实现快速追踪溯源，从而更早地发现潜在的食品安全风险，也为今后制定有效的预防和控制策略提供了强有力的科学依据。平台上线后将持续推进采用数据接口交互的方式，对接国家食源性疾病分子溯源网络平台，实现更安全﹑高效及有序的数据传输上报。

“食源性致病微生物全基因组数据综合分析平台”服务器部署结构图

“分析平台”主要功能模块及数据分析产出

“分析平台”应用技术培训